南京水利科學(xué)研究院(Nanjing Hydraulic Research Institute)簡(jiǎn)稱南京水科院，是中國(guó)綜合性水利科學(xué)研究機(jī)構(gòu)、國(guó)家級(jí)社會(huì)公益類非營(yíng)利性科研機(jī)構(gòu)。主要從事基礎(chǔ)理論、應(yīng)用基礎(chǔ)研究和高新技術(shù)開發(fā)，承擔(dān)水利、交通、能源等領(lǐng)域中具有前瞻性、基礎(chǔ)性和關(guān)鍵性的科學(xué)研究任務(wù)。同時(shí)受水利部、交通運(yùn)輸部、國(guó)家能源局領(lǐng)導(dǎo)。

南京水利科學(xué)研究院建于1935年，原名中央水工試驗(yàn)所，是中國(guó)最早成立的綜合性水利科學(xué)研究機(jī)構(gòu);2001年被確定為國(guó)家級(jí)社會(huì)公益類非營(yíng)利性科研機(jī)構(gòu);2009年，更名為“南京水利科學(xué)研究院”。

根據(jù)2017年1月南京水科院官網(wǎng)顯示，南京水利科學(xué)研究院有科研人員1300余人，具有高級(jí)以上職稱670多人。設(shè)有水文水資源研究所、水工水力學(xué)研究所、海洋資源利用研究中心等研究機(jī)構(gòu)和南京瑞迪建設(shè)科技有限公司等研發(fā)機(jī)構(gòu)。建有水文水資源與水利工程科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和國(guó)家級(jí)國(guó)際聯(lián)合研究中心，以及水利、交通、能源行業(yè)9個(gè)部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、技術(shù)研發(fā)中心、工程技術(shù)研究中心。

1978年全國(guó)科技大會(huì)至2015年底，南京水科院獲得國(guó)家和省部級(jí)科技進(jìn)步獎(jiǎng)595項(xiàng)，其中國(guó)家級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)77項(xiàng)。出版專著420多部，獲國(guó)家發(fā)明和實(shí)用新型專利435項(xiàng)。